ביקורות במסגרות מגוונות בהן מוחזקים בעלי חיים מתקיימות כחלק מפעילות המשרד לאכיפת חוק צער בעלי חיים, בשיתוף גורמים בתוך המשרד ומחוצה לו, בהם מחלקת צער בעלי חיים בשירותים הווטרינריים, יחידת האכיפה והחקירות של המשרד (פיצו"ח), הלשכות הווטרינריות האזוריות, רופאים וטרינרים רשותיים, משטרת ישראל, המשרד להגנת הסביבה ורשות הטבע והגנים.
בשנה האחרונה, מתחילת 2017 ועד הרבעון הראשון של 2018, טופלו 474 תלונות בגין הפרת תקנות צער בעלי חיים.
במהלך הפעילות, נפתחו למעלה מ-160 תיקי חקירה והוטלו קנסות מנהליים בסך כולל של כ-520 אלף ש"ח ₪. חלק מן התיקים הסתיימו בהרשעה ובחלק אף, הענישה כללה קנסות פליליים בטווח של 4,000 ₪ ל-15,000 ₪.
בין העונשים שניתנו מאסר בפועל או על תנאי של מספר חודשים והתחייבות להימנעות ביצוע העבירה בשנית.
על פי הנחייה פנימית של מחלקת התביעות במשרד החקלאות ופיתוח הכפר, הטיפול בתיקי צער בעלי חיים הינו בעדיפות ראשונה על פני שאר התיקים המטופלים במחלקה.
חלק נרחב של העבירות שעל פי חוק ותקנות צער בעלי חיים הוסבו בשנת 2011 לעבירות מנהליות, דבר שיצר שינוי מהותי בכל תהליך האכיפה של החוק. האכיפה הפכה למהירה, יעילה ומרתיעה יותר. המהלך ייעל את האכיפה ואפשר הטלת 199 קנסות בסך של כ- 840,000₪. הקנסות הוטלו ומוטלים בעקבות עבירות רבות מסוגים שונים.
