שפעת H5N1 התפרצה לראשונה בישראל ב 16/03/2006 ונמשכה שבועיים כאשר המקרה האחרון אובחן בתאריך 30/03/2006. המחלה התפרצה בשישה משקי הודים לפטום, שני משקי רבייה כבדה ומשק פטם (תרנגולות).
לאחר מכן, השפעת התפרצה שוב בשנים 2008, 2010, 2011, 2012 ו- 2015.
להלן מקרי שפעת H5N1 משנת 2015
| תאריך אבחון | ישוב | שלחוה | גיל |
| 16.1.2015 | אביאל | הודים פטום | 16.6 |
| 22.1.2015 | בנימינה | רבייה כבדה | 36 |
| 24.1.2015 | קיבוץ מגל | הודים פטום | 10.3 |
| 28.1.2015 | בית הלוי | רבייה כבדה | 36.3 |
| 29.1.2015 | בית הלוי | הודים פטום | 13 |
| 29.1.2015 | כפר מונש | הודים פטום | 15.4 |
| 1.2.2015 | בית חרות | הודים פטום | 7.9 |
| 10.2.2015 | כפר ויתקין | הודים פטום | 9.1 |
| 10.2.2015 | בצת | הודים פטום | 9.4 |
| 18.5.2018 | בצת | הודים פטום | 10.6 |
