הסימנים הקליניים משתנים ותלויים בזן הנגיף ובעוף הנדבק. לרוב נגיפי ה- LPAI פוגעים במערכת הנשימה ומערכת העיכול, ניתן לראות חרחורים בלהקה, דכאון, ירידה בתאבון, פגיעה בסינוסים, קנה נשימה ודרכי נשימה, ראות, שקי אוויר ומעיים. באיברים אלו ניתן לראות סימני דלקת, עיבוי של שקי האוויר, בצקות ולקויות מקומיות. כמו כן ניתן לראות ירידה בהטלה (בתרנגולות הטלה ורבייה) ללא סימנים קליניים נוספים. נגיפי ה- HPAI לרוב גורמים לתמותה נרחבת ומהירה בלהקה לעיתים ללא סימנים קליניים נוספים. בבדיקה פתולוגית של העופות ניתן לראות בצקות ונמקים ברקמות רכות של איברי הפנים. אין לקויות ספציפיות המאפיינות את זני ה- HPAI.
אבחון שפעת העופות בישראל נעשה במעבדה של החטיבה לעופות במכון הווטרינרי על שם קמרון בבית דגן ובמעבדות מועצת הלול. האבחון נעשה בשיטת Real time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). בשיטה זו מזוהים חלבוני המעטפת של הנגיף בכדי לסווג ולאפיין את הנגיף.
שפעת עופות מסוג H9N2, המסווגת כ-LPAI, נמצאת באופן קבוע במדינת ישראל. המחלה מציגה עונתיות ומתרחשת בעיקר בחודשי החורף. משנת 2006 אירעו בישראל מספר התפרצויות של HPAI (כמתואר בהמשך).